Objetivo: Evaluar la asociación entre marginación y fluorosis con la experiencia de caries en niños rurales mexicanos de 8-12 años de edad, en Oaxaca, México. Métodos: Estudio transversal de 283 escolares rurales seleccionados de dos localidades con un nivel de marginación alto y medio, donde la concentración de flúor en el agua tenía un rango 2.0 a 2.5 ppm/F. La experiencia de caries se evaluó mediante el índice CAOD, y la fluorosis dental con el Índice Thylstrup-Fejerskov (TFI). Los datos socioeconómicos fueron recogidos mediante un cuestionario que rellenaron los padres de los participantes. Resultados: La prevalencia de caries fue del 72.4% (CAOD ≥1) en dentición permanente. La prevalencia de fluorosis del 98.0% (TFI ≥4=71.4%). El 54.8% de los niños se cepillaban los dientes dos o más veces diariamente. El estudio de regresión logística ha mostrado que los niños con los mayores niveles de marginación tenían una mayor probabilidad de presentar caries (OR=2.11, 95% CI 1.13 – 3.93) frente a los niños con un nivel medio de marginación. Los niños con fluorosis severa (TFI ≥4) (OR=1.93, 95% CI 1.06 – 3.53) tenían mayor probabilidad de tener caries frente a niños con valores de TFI <3. Conclusiones: La población infantil rural con un nivel de marginación alto y fluorosis (TFI ≥4) presentaba mayor probabilidad de presentar caries. En ambas áreas marginales se detectó tanto una mala higiene oral, como bajos niveles de asistencia dental. Las poblaciones con un nivel de marginación medio/alto son más susceptibles a sufrir caries. Palabras clave: caries dental, fluorosis dental, marginación, niños rurales.