Antecedentes: Tanto a nivel nacional como internacional, faltan datos sobre la experiencia de caries de los escolares con discapacidad, especialmente de los niños de 6 a 10 años. Objetivo: Comparar la experiencia de caries de los escolares con discapacidad de 6 a 10 años que asisten a centros de educación especial (CEE) con niños sin discapacidad que asisten a escuelas primarias (EP) en dos períodos de estudio con cinco años de diferencia. Materiales y métodos: La prevalencia y gravedad de la caries en escolares de 6 a 10 años de edad que asisten a la EP o a CEE se determinaron siguiendo los criterios de la OMS para los cursos escolares 2010/2011 y 2015/2016, y se compararon los resultados. Resultados: Se obtuvieron datos de 6805 escolares. En los dos períodos estudiados, la prevalencia de caries en los dientes de leche de los niños de 6 a 10 años que asistían a los CEE era significativamente más alta que en los niños que asistían a la EP. Los valores medios de caod para los niños que asisten a la CEE también fueron significativamente más altos (2,11 en ambos periodos) que para los que asistían a los EP (1,48 y 1,77, respectivamente). Conclusiones: La salud dental de los escolares con discapacidad era peor que la de los escolares sin discapacidad. Para mejorar esta situación, deben intensificarse los esfuerzos en la prevención de caries para los niños con discapacidad en centros de día y escuelas. Palabras clave: Prevalencia de caries, salud oral, escolares, discapacidad, epidemiología.